우리나라 R&D 조세지원 현황 및 개선 방향: 연구·인력개발비 세액공제를 중심으로 1) > 보고서

​Ⅰ. 서론

정부는 민간의 혁신 활동을 장려하고, 미래 성장동력 확충을 목적으로 연구개발에 대해 다양한 지원제도를 운영하고 있다. 연구개발 활동에 내재된 불확실성, 혁신결과물이 가지는 긍정적 외부효과 등을 고려할 때 R&D에 대한 정부 지원의 필요성은 일반적으로 인정되고 있다. 실제로, 우리나라뿐 아니라 많은 해외 국가들 역시 연구개발에 대해서는 정부 재정을 투입하여 적극적으로 지원하고 있는 상황이다.

정부의 R&D 지원은 크게 재정지원과 조세지원으로 구분할 수 있다. 2024년 기준 가장 대표적인 민간 R&D 지원 재정사업으로 볼 수 있는 국가연구개발사업은 총 1,364개 세부사업(계속사업 1,178개, 신규사업 186개)을 포함하고 있으며, 예산 규모는 26.5조원 수준이다. 연구개발 관련 조세지원제도 중 가장 큰 조세지출 실적을 보이는 연구·인력개발비 세액공제(신성장·원천기술 및 국가전략기술 포함) 제도의 경우 2022년 실적치 기준 3.7조원 규모이며 이는 2022년 전체 국세감면액의 6.5%에 해당하는 수치이다. 한편, 정부는 지난 7월 발표한 세법개정안에서 국가전략기술에 대한 R&D 세액공제 적용기한을 3년 연장하는 방안을 제안하였으며,2) 전문가 평가를 거쳐 국가전략기술에 첨단반도체 소재·부품·장비 관련 기술 등을 추가하는 것을 검토하겠다고 발표하였다.3) 또한 2025년 1월에는 국가전략기술 분야에 인공지능(AI) 및 미래형 운송수단 추가, 국가전략기술 및 신성장·원천기술 R&D 시설투자 세액공제율 상향 등의 방안이 추가로 발표되었다.4)

민간의 혁신활동을 촉진하기 위해 정부 지원을 확대하는 정책 방향은 큰 틀에서 바람직하다고 판단되지만, R&D 관련 정부 지원에 막대한 예산이 투입되고 있으므로 이를 효율적으로 운영하는 것은 정부 재정의 관점에서 매우 중요하다고 할 수 있다.

특히, 많은 선행연구는 우리나라의 민간 R&D가 양적으로는 크게 성장하였지만, 질적성과가 낮다고 지적5)하고 있으므로 정부 지원체계가 효율적으로 작동하고 있는지 점검하여 개선 방안을 찾을 필요가 있다.

이에 본고에서는 우리나라 R&D 조세지원제도 현황을 살펴본 후 제도 개선방안을 제시하고자 한다. R&D에 대한 조세지원은 재정지원에 비해 절대적 규모는 크지않지만 주요 제도가 대부분 반영구적으로 운영되고 있다는 특징이 있다. 실제로 ‘일반’ 분야 연구·인력개발비 세액공제(「조세특례제한법」(이하 조특법) 제10조 제1항 제3호)는 별도의 일몰 조항이 없으며, 신성장·원천기술(「조특법」 제10조 제1항 제1호)의 경우 2010년 도입 이후 계속해서 적용기한이 연장되면서 제도가 지속적으로 운영되고 있다.6) 특히, 최근 신성장·원천기술, 국가전략기술 등 특정 분야에 대한 세제지원이 확대되면서 연구·인력개발비에 대한 세액공제의 조세지출 규모가 큰 폭으로 증가하고 있어 해당 제도에 대한 평가 및 개선 방향 모색이 필요한 상황이다.

본고의 구성은 다음과 같다. 제Ⅱ장에서는 우리나라의 민간 R&D 현황 및 추이를 살펴본다. 제Ⅲ장에서는 우리나라의 R&D 관련 조세지원제도에 대해 정리한 후 연구·인력개발비 세액공제의 운영상 쟁점에 대해 논의한다. 마지막으로, 제Ⅳ장에서는 제도의 개선방향에 대해 논의한다.

Ⅱ. 우리나라 R&D 현황 및 추이

우리나라 및 해외 주요국의 R&D 조세지원제도에 대해 논의하기에 앞서 우리나라의 최근 민간 R&D 현황 및 추이를 살펴볼 필요가 있다.7) 우리나라의 총연구개발비는 지속적으로 증가하는 추세에 있으며 국제적으로 비교해도 높은 수준인 것으로 확인된다. 총연구개발비 규모는 1980년대 중반부터 유의미하게 확대되기 시작했으며, 2010년대 이후에도 꾸준히 상승하였다. 최근에도 2018년 85.7조원, 2020년 93.1조원, 2022년 112.6조원으로 확대 추세가 계속되고 있다. 총연구개발비의 GDP 대비 비중 역시 지속적으로 상승하였으며 최근에도 2018년 4.52%에서 2022년 5.21%로 증가하였다. 특히 2022년 기준 우리나라의 연구개발비 규모는 OECD 회원국 및 주요 비회원국8) 중 세계 6위 수준이며, GDP 대비 비중은 세계 2위에 해당한다.

또한 [그림 3]에서 확인할 수 있듯이, 민간 R&D에 대한 정부 지원 규모도 큰 것으로 나타났다. 2021년 기준 우리나라의 GDP 대비 기업 R&D(business enterprise expenditure on R&D)에 대한 정부 지원 비중은 0.35%로 OECD 평균인 0.21%보다 높았다.9) 해외 주요국과 비교하면, 우리나라의 GDP 대비 R&D 지원 비중은 미국(0.26%), 일본(0.14%), 중국(0.13%)에 비해 높고, 영국(0.48%), 프랑스(0.42%)보다는 낮았다.

R&D 규모를 연구수행 주체로 구분하여 살펴보면, 기업체의 비중이 가장 높은 것으로 나타났다. 2022년 기업체가 사용한 연구개발비는 89조 4,213억원으로 전체의 79.4%를 차지하였으며 공공연구기관과 대학 지출액은 각각 12조 9,186억원(11.5%)와 10조 3,061억원(9.1%) 규모이다. 추세적으로는 기업체, 공공연구기관, 대학 연구개발비 지출 규모가 모두 증가하였으며 각각이 차지하는 비중은 안정적으로 유지되고 있는 것으로 확인된다.

기업체에 의한 연구개발비 대부분은 대기업이 지출하는 것으로 나타났으며, 매출액 대비 연구개발비 비중은 벤처기업이 가장 높았다. 매출액 대비 연구개발비 비율은 벤처기업이 6.38%로 가장 높았으며, 대기업은 3.39%, 중소기업은 2.58%, 중견기업은 2.15% 수준으로 확인된다. 즉, 우리나라는 규모가 큰 소수 기업이 전체 연구개발비에서 차지하는 비중이 높고, 벤처기업의 연구개발 활동이 활발한 것으로 나타났다.10)

요약하면, 우리나라는 연구개발비 지출 규모, 정부 지원 수준 등 적어도 양적 측면에서는 R&D가 매우 활발하게 이루어지고 있다고 평가할 수 있으며 최근까지도 R&D의 양적 성장은 계속되고 있다. 또한 기업 R&D는 대기업 집중도가 매우 높은 것으로 나타났다.

Ⅲ. R&D 관련 조세지원제도

제Ⅲ장에서는 우리나라의 R&D 관련 조세지출 규모를 총량 관점에서 소개하고,기업들이 가장 활발히 활용하고 있는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 제도의 개요 및 현황에 대해 논의하였다. 마지막으로, 동 제도의 운영상 특징에 대해 검토하였으며 특히 신성장·원천기술 및 국가전략기술의 변화 추이를 중점적으로 소개하였다.

1. 연구개발에 대한 조세지원 규모

『조세지출예산서』는 「조세특례제한법」상 분류 기준에 따라 조세지출을 총 23개 분야로 구분하여 규모를 제시하고 있다. 해당 기준에 따르면 ‘연구개발’에 대한 조세지원 총량은 2023년 실적 기준 5.1조원이며, 전체 조세지출액에서 차지하는 비중은 7.3% 수준이다. 2024년과 2025년에는 연구개발 분야 조세지출액이 각각 3.6조원과 3.7조원으로 다소 감소할 것으로 전망되지만, 여전히 유의미한 정부 재원이 연구개발에 대한 조세지원에 활용되고 있음을 확인할 수 있다. 다만, 「조세특례제한법」상 ‘연구개발’로 구분되지만, 제도의 실질적 내용은 연구개발에 대한 지원으로 보기 어려운 제도도 일부 존재하므로 해석에 유의할 필요가 있을 것이다.11)

연구개발에 대한 총조세지출액 대부분은 연구·인력개발비 세액공제 제도에 의한 것으로 나타났다. 2023년 실적 기준 동 제도 조세지출액은 4.6조원이며, 2024년과 2025년은 각각 3.0조원과 3.1조원으로 전망된다. 특히, 동 제도 다음으로 조세지출액 규모가 큰 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제, 외국인근로자에 대한 과세특례 등은 연구개발에 대한 직접적 지원으로 보기 어렵다는 점을 고려하면 기업 연구개발에 대한 조세지원은 사실상 연구·인력개발비 세액공제제도가 주도적 역할을 하고 있다고 평가할 수 있다. 실제로, 최근 신성장·원천기술 및 국가전략기술 분야에 대한 지원이 확대되면서 동 제도 조세지출액이 연구개발 분야 총조세지출액에서 차지하는 비중은 91% 이상으로 확대(2023년 실적 기준)되었다.

연구개발에 대한 총조세지출액 대부분은 연구·인력개발비 세액공제 제도에 의한 것으로 나타났다. 2023년 실적 기준 동 제도 조세지출액은 4.6조원이며, 2024년과 2025년은 각각 3.0조원과 3.1조원으로 전망된다. 특히, 동 제도 다음으로 조세지출액 규모가 큰 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제, 외국인근로자에 대한 과세특례 등은 연구개발에 대한 직접적 지원으로 보기 어렵다는 점을 고려하면 기업 연구개발에 대한 조세지원은 사실상 연구·인력개발비 세액공제제도가 주도적 역할을 하고 있다고 평가할 수 있다. 실제로, 최근 신성장·원천기술 및 국가전략기술 분야에 대한 지원이 확대되면서 동 제도 조세지출액이 연구개발 분야 총조세지출액에서 차지하는 비중은 91% 이상으로 확대(2023년 실적 기준)되었다.

2. 연구·인력개발비에 대한 세액공제 개요 및 현황

본 소절에서는 「조세특례제한법」상 연구개발로 구분된 조세지출제도 중 기업 활용도 및 조세지출 규모 측면에서 가장 비중이 크고, 민간 혁신활동에 대한 가장 직접적인 지원으로 볼 수 있는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 제도에 대해 추가로 논의한다.

가. 제도 개요

연구·인력개발비에 대한 세액공제(「조세특례제한법」 제10조; 적용기한: 없음,신성장·원천기술 및 국가전략기술은 2027년 12월 31일)는 기업의 연구개발 활동 촉진을 위해 신성장·원천기술연구개발비, 국가전략기술연구개발비, 일반연구·인력개발비가 있는 내국인에게 법인세 또는 소득세의 일정 비율을 세액공제하는 제도이다.

동 제도의 혜택을 적용받는 연구개발은 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’으로 정의되며 자체연구개발과 위탁 및 공동연구개발로 구분12)된다. 또한 인력개발13)은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 의미한다. 세액공제 혜택은 기업부설연구소, 연구개발전담부서에서 발생한 인건비, 재료비, 시설임차료 등에 적용된다.

공제율은 기업규모 및 기술 분야에 따라 차등 적용된다. 신성장·원천기술 분야의 경우 당기분 연구개발비용의 최대 40%(중견기업 및 일반기업은 최대 30%)를, 국가전략기술 분야는 당기분 연구개발비용의 최대 50%(중견기업 및 일반기업은 최대40%)를 세액공제한다. 일반 분야는 기업이 ①당기분과 ②증가분 방식 중 하나를 선택할 수 있으며 공제율은 아래와 같다.

① 당기분: 당해연도 지출액 × 0~2% (중견기업 8%, 중소기업 25%)

② 증가분: 직전연도 지출액 초과분 × 25% (중견기업 40%, 중소기업 50%)

나. 제도 신고 현황

다음으로 최근 연구·인력개발비 세액공제 신고 현황을 『국세통계연보』를 참조하여 정리하였다. 최근 3년(2021~2023신고연도) 조세지출액 변화를 살펴보면, 신성장·원천기술 분야 및 국가전략기술 조세지출액이 크게 확대되는 추세를 확인할 수 있다. 일반 분야 총조세지출액은 2021년 2.0조원에서 2023년 2.4조원으로 소폭 상승한 반면, 신성장·원천기술 분야는 2021년 6천억원에서 2023년 9,500억원 수준으로크게 확대되었다. 2022년 최초 신고 된 국가전략기술 분야 조세지출액 규모는 4,500억원에서 2023년 1.2조원으로 세 배 가까이 증가한 것으로 나타났다. 또한 중소기업의 활용도가 압도적으로 높은 일반 분야와 달리, 신성장·원천기술 및 국가전략기술은 일반법인의 활용 비중이 상대적으로 높았다. 2023신고연도 기준 전체 수혜기업

중 중소기업 숫자의 비중은 일반 분야 96.3%, 신성장·원천기술 69.9%, 국가전략기술 29.4%로 나타났다. 또한 기업당 평균 수혜액은 국가전략기술, 신성장·원천기술, 일반분야 순으로 높은 것으로 나타났다. 2023신고연도 기준 평균 수혜액은 국가전략기술 352.0억원, 신성장·원천기술 29.5억원, 일반 분야 0.6억원으로 확인된다

3. 연구·인력개발비에 대한 세액공제 운영상 쟁점

가. 우대 기술의 범위

동 제도의 특징 중 하나는 R&D 분야를 일반, 신성장·원천기술, 국가전략기술 등 세 가지 범주로 구분하여 혜택 수준을 차등하고 있다는 점이다. 일반 분야는 당기분 기준 중소기업 25%, 중견기업 8%, 일반기업 0~2%, 신성장·원천기술 분야는 중소기업 30~40%, 중견기업14) 및 일반기업 20~30%, 국가전략기술 분야는 중소기업 40~50%, 중견기업 및 일반기업 30~40%의 공제율이 적용된다. 동일한 비용을 지출하더라도 기술범주별 혜택 수준의 차이가 크기 때문에, 정부가 기술을 적절히 구분 및 선정하는 것은 제도 효과성을 제고하고 불필요한 재정지출을 최소화하는 측면에서 매우 중요하다고 할 수 있다. 이에 본고에서는 일반 분야에 비해 높은 공제율을 적용받는 신성장·원천기술과 국가전략기술 대상 기술이 최근 어떻게 변화되었는지를 상세히 살펴보고자 한다.

신성장·원천기술 및 국가전략기술은 시행령에서 규정하고 있다. 신성장·원천기술은 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 [별표 7]의 기술로 미래형자동차, 지능정보 기술 등의 14개 분야 53개 세부분야 270개 기술을, 국가전략기술은 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제6항 [별표 7의2]의 기술로 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단, 바이오의약품 등 7개 분야 66개 기술을 의미한다.

신성장·원천기술의 최근 변화(<표 5> 참고)를 살펴보면 범주, 분야, 기술 모두 증가하는 추세임을 확인할 수 있다. 2017~2024년 기간 동안 대상이 되는 기술의 범주는 11개에서 14개로, 분야는 37개에서 53개로, 세부 기술은 157개에서 270개로 확대되었다. 최근에는 세부 기술 수 기준 2022년 260개에서 2023년 258개로 소폭 감소한 뒤 2024년 270개로 증가하면서 그 증가 추세가 다소 꺾인 것처럼 보이지만,2023년 기술 수가 감소한 것은 신성장·원천기술에 해당하는 일부 기술이 국가전략기술로 편입된 것이므로 실질적으로는 지원이 확대된 것이다.15)

<표 6>은 신성장·원천기술 신규도입 및 폐지 기술 수를 연도별로 제시하고 있다. 2017년 대폭 개정으로 157개의 기술을 신성장·원천기술로 인정하며 현재의 구조를 지니게 되었으며 이후에는 2018년을 제외한 모든 연도에 새로운 기술이 추가되었다. 특히 2020년에는 첨단소재부품장비 범주가 신설되고 융복합소재 기술이 대폭 추가되면서 총 51개의 신규기술이 편입되었다. 2021년과 2022년에도 20개 이상의 신규기술이 추가되었으며, 2023년과 2024년에도 숫자는 다소 감소하였지만 10개 이상의 신규기술이 새롭게 포함되었다.

반면 폐지된 기술 수의 경우 대체로 신규 도입 기술 숫자에 비해 적었으며,2021년과 2023년에 폐지 기술 수가 상대적으로 높았다. 하지만 2023년과 2024년에 신성장·원천기술에서 제외된 17개 기술(<표 7> 참조)은 2022년 도입된 국가전략기술 목록에 편입되었으므로 해당 기술에 대한 지원은 오히려 확대된 것이다. 2023년 개정 사항을 살펴보면 6월 7일과 8월 29일 개정에서 신규도입 기술 없이 각각 10개와 4개의 신성장·원천기술이 삭제되었는데, 삭제된 기술 전부 국가전략기술에 편입되었다. 또한 2024년 2월 29일에는 15개의 기술이 신규 도입되고 3개의 기술이 폐지되었는데, 폐지된 기술 3개 모두 국가전략기술로 추가되었다. 즉, 신성장·원천기술 기술 범위는 2019년 이후 계속해서 확대된 것으로 평가할 수 있다.

다음으로 국가전략기술 변화 추이(<표 8> 참고)를 살펴보면, 2022년 최초 도입 이후 2년 연속 그 범위가 확대되었음을 확인할 수 있다. 2023년에는 디스플레이, 미래형이동수단, 바이오의약품, 수소 등 총 4개의 새로운 범주가 도입되었으며, 2024년에는 수소 관련 3개 기술, 디스플레이 관련 1개 기술이 추가되었다. 이렇게 추가된 기술들은 앞서 논의한 신성장·원천기술에서 편입된 기술을 포함하고 있다. 또한 2022년 도입 이후 현재까지 국가전략기술에서 제외된 기술은 없는 것으로 확인된다.

요약하면, 일반적인 R&D에 비해 높은 수준으로 지원하는 우대 기술(신성장·원천기술 및 국가전략기술)의 범위는 제도 도입 이후 꾸준히 확대되었으며, 기술의 상용화, 지원 필요성 감소 등의 이유로 우대 기술에서 제외된 경우는 매우 제한적인 것으로 나타났다.

나. 세무행정 측면에서의 쟁점

다음으로 본 제도의 세무행정 측면에서의 운영 방식에 대해 논의한다. 특히 본제도의 경우 세무행정 측면에서의 노력이 특히 중요하다고 판단되는데, 그 이유는 일반적으로 기업의 혁신 활동과 일반적 경영 활동 사이에는 명확한 경계가 존재하지 않기 때문이다. 즉, 조세 혜택이 본래의 취지대로 적격 혁신 활동16)을 수행한 기업에 돌아갈 수 있도록 하기 위해서는 세무행정 차원에서의 면밀한 검증 노력이 필요하다.

이러한 이유로 국세청에서도 제도 오남용 방지를 위해 노력하고 있다. 대표적으로, 동 제도 활용을 희망하는 기업의 조세 불확실성을 사전적으로 해소하기 위해R&D 세액공제 사전심사제도가 운영되고 있다. 기업들은 세액공제 신청 전에 자신이 지출한 비용이 제도 적용 대상에 해당되는지 여부 등을 미리 심사할 것을 사전심사제도를 통해 자율적으로 신청할 수 있다. 신청 건에 대해 국세청에서는 ‘기술검토’ 및 ‘비용검토’를 진행한다. 기술검토는 기업이 수행하는 연구인력개발 활동이 「조세특례제한법」 제2조 제1항 제11호에 따른 연구개발의 정의에 부합하는지 여부를, 비용검토는 기업이 지출하는 연구인력개발 활동이 「조세특례제한법 시행령」 제9조에서 규정한 비용 범위에 포함되는지 여부를 심사하는 것을 의미한다. 이러한 사전심사 결과에 따라 세액공제를 신청하는 경우, 추후 심사 결과와 다르게 과세 처분한 경우에도 과소신고 가산세가 부과되지 않으며 심사받은 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면 사후관리 선정 대상에서 제외되는 효력이 발생한다.

사전심사제도는 세액공제 활용에 관하여 과세관청과 납세자 사이에 존재할 수있는 인식의 차이를 최소화하고 조세 확실성을 증대할 수 있어 긍정적으로 평가된다. 다만, 국세청에서는 기업이 수행한 연구개발 활동이 신성장·원천기술 또는 국가전략기술에 해당하는지에 대한 심사는 수행하지 않고, 해당 심사는 한국산업기술진흥원에서 별도로 담당하고 있다. 연구개발세액공제기술심의위원회 운영 세칙에서는, 한국산업기술진흥원(“전담기관”)이 다음의 사항에 대해 조사한 후 그 결과에 관한 종합의견서를 연구개발세액공제기술심의위원회에 보고하도록 규정하고 있다.

위원회는 해당 종합의견서를 근거로 해당 건에 대해 신성장·원천기술 인정 여부 및 국가전략기술 인정 여부를 최종 심의한다.

즉, 해당 비용이 연구개발의 정의에 부합하는 것인지, 세액공제 대상 비용에 부합하는 것인지 등에 대해서는 국세청에 사전심사를 신청하도록 규정하고 있고, 연구개발비가 신성장·원천기술 또는 국가전략기술에 해당하는지에 대해서는 한국산업기술진흥원에 사전조사를 신청해야 하는 것이다. 이러한 복잡한 구조는 기업의 납세협력비용을 높이고, 기업들의 사전적 검증 의향을 저해할 가능성도 있다.

또한 제도의 조세지출 규모 및 연구개발 활동에 내재된 개념적 모호함 등을 고려할 때 현재 과세관청의 사전적, 사후적 검증 노력이 충분한지에 대해서는 재고의 여지가 있다. 본 제도에 대한 과세당국 차원의 사전적 검증 비중 및 구체적 절차 등에 대해서는 공개된 바 없으나, 제도 검증을 위한 전담 부서 등은 없는 상황이다. 또한 사후적으로도 동 제도에 대한 별도의 검증 절차는 없으며, 세무조사 대상으로 선정되는 경우 조사 과정에서 일부 검토가 이루어질 것으로 판단된다.

Ⅳ. 결론 및 제도 개선 방향

민간의 혁신 활동은 우리나라의 성장 잠재력 확충 및 지속적 경제성장을 위한 핵심 요소이다. 또한 기업 혁신활동은 많은 경우 긍정적 외부효과를 창출하므로 이를 장려하기 위한 정부의 적극적 지원이 필요하다는 점에는 큰 이견이 없을 것이다.

연구·인력개발비 세액공제는 기업의 활용도가 가장 큰 연구개발 관련 조세지원제도로서 그동안 민간의 혁신활동을 장려하는 데에 핵심적 역할을 수행하였다.17) 특히, 최근 해외 주요국에서 자국의 핵심 산업 육성을 위해 조세 및 재정 지원을 확대하고 있다는 점을 고려하면 혁신 활동 장려를 위한 본 제도의 역할은 더욱 강조될 것으로 판단된다.

그러나 한편으로는, 우리나라의 혁신 활동이 양적으로 크게 확대되었지만 질적성과는 부족하다는 지적도 꾸준히 제기되고 있다. 또한 조세지출제도는 정부 세입의 손실을 의미하므로, 지원의 실효성을 높여 정부 재정에 미치는 부정적 영향을 최소화할 필요가 있다. 특히, 동 제도는 R&D 관련 조세지출제도 중 규모가 가장 큰 제도임을 고려할 때 제도의 효율적 운용의 중요성이 더욱 크다고 할 수 있다.

이에 본고에서는 향후에도 민간 혁신활동에 대한 정부의 적극적 지원은 지속적으로 이루어질 필요가 있다는 점을 전제로 하고, 정부 재정의 효율적 운영의 관점에서 두 가지 제도 개선 방향에 대해 논의하고자 한다.

1. 우대 기술 범위의 비대화 방지 및 기술 범주 단순화

우리나라의 연구·인력개발비 세액공제의 조세지출액은 최근 크게 확대되었으며, 이는 주로 신성장·원천기술 분야의 조세지출액 증가 및 국가전략기술 분야에 대한 신규 세액공제 도입에 따른 것으로 나타났다.

특히 최근의 조세지출액 확대는 우대 기술 숫자의 지속적 증가에 부분적으로 기인하는 것으로 추정된다. 앞서 살펴본 바와 같이, 신성장·원천기술은 2017년 도입 이후 2022년에만 기술 숫자가 감소하고, 나머지 연도에는 모두 기술 숫자가 유지되거나 증가하였다. 특히, 유일하게 기술 숫자가 감소한 2022년의 경우에도 신성장·원천기술의 기술이 국가전략기술로 편입되어 사실상 지원이 확대된 것으로 평가할 수 있다. 그 결과 2017~2024년 기간 대상 기술의 범주는 11개에서 14개로, 분야는 37개에서 53개로, 세부 기술은 157개에서 270개로 증가하였다. 또한 국가전략기술 역시 2022년 36개 기술로 도입되었으나 2024년에는 66개로 단기간에 두 배 가까이 기술숫자가 증가하였다.

장기적인 국가 성장동력 확보 및 경제안보 측면의 전략적 중요성 등을 고려하여 정부가 일부 핵심 분야에 대해 적극적으로 지원하는 것의 필요성은 인정될 수 있다.18) 하지만 실제 운영 과정에서 우대 기술로 새롭게 편입되는 기술은 많지만 우대 기술에서 제외되는 기술은 매우 제한적으로 나타나고 있다. 이는 국가 미래 관점에서 특별히 장려하는 것이 필요한 분야에 더 높은 수준으로 특별히 지원한다는 신성장·원천기술 및 국가전략기술의 취지에 부합하지 않는 것으로 평가된다.

우리나라 민간 R&D 지출의 지속적 확대 추세, R&D에 대한 정부 지원 수준이 국제적으로 매우 높은 편이라는 점, 최근의 어려운 재정 여건 및 향후 예상되는 인구구조 변화 등으로 중장기적 재정건전성 확보 필요성이 크다는 점 등을 종합적으로 고려할 때 연구·인력개발비 세액공제의 우대 기술 선정에서 더 신중한 접근이 요구된다.

정부는 높은 수준으로 지원할 필요성이 인정되는 소수의 기술로 신성장·원천기술 및 국가전략기술의 범위를 제한하고, 이미 상용화되었거나 첨단성이 높지 않은 기술, 경제 안보 측면에서 중요성이 떨어지는 기술은 우대 기술 범위에서 제외하여 일반 연구·인력개발비 세액공제를 통해 지원할 필요가 있다. 현재 우리나라는 일반 분야의 R&D에 대해서도 세액공제 혜택을 부여하고 있으므로 신성장·원천기술 및 국가전략기술은특별히 높은 수준의 지원이 필요한 명백한 근거가 있는 분야만 포함되도록 관리하는 것이 바람직할 것이다. 특히, 본 제도의 구조상 우대 공제율 적용을 희망하는 민간 부문의 건의가 지속 제기될 것으로 예상되므로, 정부는 국가 미래의 관점에서 핵심적으로 지원이 필요한 분야에 대한 적극적인 지원과 국가 재정의 효율적 운영 사이에서 적절한 균형점을 찾기 위한 노력이 필요할 것이다.

보다 장기적으로는, 일반, 신정장·원천기술, 국가전략기술의 세 가지 범주로 구분된 현 체계를 일반 및 첨단(가칭) 분야의 두 가지 범주로 단순화하는 것도 고려해볼 수 있을 것이다. 정부가 다양한 민간 분야 기술의 상대적 중요성에 대해 정확하게 평가하고, 이를 바탕으로 시의성 있게 기술을 분류하여 제도에 반영하는 것은 어렵기 때문에 현재의 3단계 차등 구조는 혁신활동을 위한 민간의 자원투자 결정에 기술 간·분야 간 왜곡을 야기할 가능성이 있다. 또한 이러한 복잡한 구조는 정부의 행정비용 및 기업의 납세협력비용을 모두 증가시키는 요인이 될 수 있다. 실제로 해외 사례를 살펴봐도 기술을 3단계로 구분하여 혜택 수준을 차등하는 경우는 없는 것으로 파악된다.19) 다만, 국가전략기술에 대한 신규 공제제도가 비교적 최근 도입되었다는 점을 고려할 때 근본적 제도 개편에 대한 논의에 앞서 국가전략기술 우대 지원의 효과에 대해서는 추후 엄밀한 평가가 선행될 필요가 있다.

2. 국세청에 의한 검증 강화 등 세무 행정의 개선

연구·인력개발비 세액공제는 기타 기업 대상 조세지원에 비해 제도가 오남용 될 여지가 큰 제도이다. 이는 기본적으로 민간 혁신활동이 명확하게 정의되기 어려운 개념이라는 데 기인한다, 따라서 기업이 지출한 비용이 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하는지에 대해서는 정성적 판단 및 검증이 요구된다. 반면, 고용, 투자 등과 관련된 조세지원의 경우 서류나 자료를 통해 기업이 적격 지출을 했는지 비교적 명확하게 판단할 수 있다. 이러한 특징을 고려할 때 연구·인력개발비 세액공제가 제도 취지에 맞게 운영되기 위해서는 세무 행정적 뒷받침이 필수적이다.

이에 국세청에서도 제도의 오남용 방지를 위해 많은 노력을 기울이고 있으나, 본 제도의 중요성을 고려할 때 여전히 개선의 여지가 존재한다고 판단된다. 먼저, 연구·인력개발비 세액공제를 받고자 하는 기업의 신청 건에 대한 사전적 검증 비중을 높일 필요가 있다. 본 제도에 대한 과세당국 차원의 사전적 검증 비중이 대외에 공개된 적은 없다. 다만, 2023년 기준 4만 3천건이 넘는 연구·인력개발비 세액공제 신고가 있었으나 국세청에서 관련 업무를 수행하는 것으로 명시된 인원은 상대적으로 부족한 것으로 파악된다.20)  본 제도의 수혜기업 수와 국세청의 관련 인력 규모를 고려할 때 상당수 신청 건에 대해서는 실질적인 검토가 이루어지지 못하고 있을 가능성이 높을 것으로 보인다. 이와 관련하여 김학수 외(2017)는 캐나다의 R&D 조세지원제도 운영을 모범 사례의 하나로 제시하고 있다. 캐나다의 경우 우리나라와 달리 연구개발 활동검증을 위해 다수의 전문 인력을 연구개발 조세지원 신청서 검토에 투입하고 있으며, 특히 기술조사관(research and technology advisor)의 경우 연구개발 조세지원 신청서 검토 업무만 전담으로 수행하는 것으로 파악된다.21)

또한 사후적으로도 본 제도에 대한 별도의 확인·검증 절차는 없는 것으로 파악되며, 특정 기업이 세무조사 대상자로 선정되는 경우 종합적으로 검토가 이루어질 것으로 추정된다. 이에 과세당국에서는 연구·인력개발비에 대한 사전적, 사후적 검증을 강화할 필요가 있으며 특히 신성장·원천기술 및 국가전략기술에 대해서는 검증 비중을 유의미한 수준으로 높이는 것이 바람직할 것으로 판단된다. 단기적으로는, 현재의 가용한 인력 및 예산을 최대한 활용하여 검증 노력을 강화할 필요가 있다. 이와 관련하여, 빅 데이터 분석 기법, AI 기술 등을 적극적으로 활용하여 제도 오남용 위험이 클것으로 예상되는 납세자를 보다 효율적으로 포착하는 방안도 도움이 될 수 있을 것으로 보인다. 장기적으로는, 본 제도의 중요성을 고려하여 제도 검증 관련 인력 및 예산의 확대를 고려할 수 있을 것이다. 다만, 인력 및 예산의 확충 또한 또 다른 행정비용을 야기할 수 있으므로 적절한 확충 규모에 대해서는 엄밀한 검토가 필요하다고 판단된다. 또한 제도 검증이 비용-효율적으로 이루어질 수 있도록 담당 인력의 전문성 강화, 적절한 인력 배치 및 조직 구성 등 국세청 자체적인 노력도 반드시 수반되어야 할 것이다.  

이러한 검증 강화 노력과 함께, 제도 오남용 최소화를 위해 납세자와의 적극적소통을 강화하는 노력도 병행될 필요가 있다. 현재 국세청에서는 연구·인력개발비 세액공제 인정 사례, 불인정 사례, 체크리스트 등을 작성하여 홈페이지에 게시하고 있다. 이러한 노력은 연구·인력개발 개념의 불확실성을 완화할 수 있다는 점에서 긍정적으로 평가할 수 있으나, 해당 자료에 대해 인지하고 있는 기업들이 많지 않은 것으로 파악되고 있다. 연구·인력개발비 세액공제 제도를 활용한 경험이 있는 기업 등을 대상으로 이러한 자료를 적극적으로 공유할 필요가 있으며, 세액공제 신청 시 R&D 개념 등에 대한 체크리스트를 읽고 인지한 경우에만 다음 단계로의 진행이 가능하도록 신고 절차를 변경하는 방안도 검토해 볼 수 있을 것이다. 

또한 국세청과 한국산업기술진흥원에서 분장하여 이루어지고 있는 사전심사 제도 업무에 대해서도 기업의 혼란을 최소화하기 위한 노력이 요구된다. 현재 신성장·원천기술 및 국가전략기술에 대한 사전심사 기술검토 절차의 경우 한국산업기술진흥원에서 수행하고 있고, 나머지 업무는 국세청에서 담당하는 것으로 파악된다. 이러한 구조에 대해 기업이 정확하게 인지할 수 있도록 적극적인 소통이 필요하며, 장기적으로는 사전심사 업무를 일원화하는 것도 제도의 효율적 운영 및 납세협력비용 완화에 도움이 될 것으로 보인다. <kipf>

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1) 본고는 김빛마로·신상화·이동규·홍용기, 『연구·인력개발비에 대한 세액공제-신성장·국가전략기술, 일반(「조세특례제한법」 제10조) 심층평가』, 2024의 일부 내용에 기초하여 작성됨

2) 해당 안은 2024년 12월 10일 국회에서 최종 통과

3) 관계부처 합동, 「반도체 생태계 종합지원 추진방안」, 2024. 6. 26.

4) 관계부처 합동, 「2025년 경제정책방향」, 2025. 1. 2.

5) 안수용·조용희(2022); 김학수(2018) 등

6) 신성장·원천기술 및 국가전략기술에 대한 연구개발비 세액공제의 적용기한을 2027년 12월까지 연장하는 안이 12월10일 국회에서 최종 통과

7) 본고에서는 「2022년도 연구개발활동조사보고서」를 참고함

8) OECD, Main Science and Technology Indicators 2023-September, 2023에서 집계한 국가 기준으로 산출하였으며 국가별 2022년 데이터가 공표되면 순위 변동 가능 

9) 정부 지원은 직접 자금지원(direct funding)과 조세지원(tax support)으로 구분할 수 있는데 우리나라의 GDP 대비 R&D 직접자금지원비중 및 조세지원 비중은 각각 0.22%와 0.13%임

10) 「벤처기업법」 제2조의2에 따른 벤처기업 요건은 벤처투자유형, 연구개발유형, 혁신성장유형, 예비벤처유형으로 구분된다. 이 중 연구개발유형(1항의2호의나목)의 경우 연구개발비 규모 및 매출액 대비 비중이 일정 수준 이상일 경우가 해당된다. 따라서 [그림 6]에서 벤처기업의 매출액 대비 연구개발비 비중이 높게 나타난 것은 부분적으로 우리나라 벤처기업 정의에 기인했을 것으로 추정된다

11) 예를 들어, 외국인근로자에 대한 과세특례(「조세특례제한법」 제18조의2)의 경우 국내에서 근무하는 일반적인 외국인 근로자의 소득세를 분리과세하는 제도로서 연구개발에 대한 지원으로 보기 어려운 측면이 있음

12) 연구개발에서 제외되는 활동(「조세특례제한법 시행령」 제1조의 2) ①일반적인 관리 및 지원활동 ②시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험 ③반복적인 정보수집 활동 ④경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동 ⑤특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무 ⑥광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등 조사·탐사 활동 ⑦위탁받아 수행하는 연구활동 ⑧이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동 ⑨기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동

13) 인력개발비용은 일반 분야 공제만 적용

14) 코스닥 상장 중견기업은 25~40%

15) 이에 대한 구체적인 내용은 다음에서 다시 논의

16) 본 제도의 적용을 받을 수 있는 적격 연구개발은 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’으로, 인력개발은 ‘내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동’으로 정의

17) 김빛마로·신상화·이동규·홍용기(2024)는 본 제도가 기업의 연구개발 관련 지출 및 기업 성과 등에 대체로 긍정적인 영향을 준다는 실증 분석 결과를 제시하고 있음. 실증분석 관련 상세한 내용은 동 보고서의 제Ⅴ장을 참고

18) 특정 기술 및 분야에 대한 우대 지원 자체의 적정성에 대해서도 이견이 존재할 수 있으며, 이와 관련된 논의는 김빛마로·윤성주·윤성만(2021)의 p. 89~90을 참고

19) 김빛마로·신상화·이동규·홍용기(2024)의 제Ⅲ장을 참고

20) 국세청 홈페이지(접속일: 2024. 12. 16.) 기준 본청 법인납세국 공익중소법인지원4팀(10명 내외)과 각 지방국세청 법인세과의 인력 일부가 R&D 사전심사 업무를 수행하는 것으로 파악. 이 밖에 통상적인 법인세 신고 관련 인력이 연구·인력개발비 세액공제 검증 업무도 함께 수행할 것으로 추정

21) 2019년 기준, 캐나다의 R&D 세액공제 전담 재무조사관(financial reviewer) 및 기술조사관 숫자는 약 500명인 것으로 파악

<참고문헌>

과학기술정보통신부·한국과학기술기획평가원,「2022년도 연구개발활동조사보고서」, 2023.

관계부처 합동, 「반도체 생태계 종합지원 추진방안」, 2024. 6. 26.

관계부처 합동, 「2025년 경제정책방향」, 2025. 1. 2.

국세청, 『국세통계연보』, 각 연도.

기획재정부, 「세법개정안」, 각 연도.

 기획재정부, 「2024년 세법개정안 국회 본회의 통과」, 보도자료, 2024. 12. 10.

김빛마로·신상화·이동규·홍용기, 『연구·인력개발비에 대한 세액공제 - 신성장·국가전략기술, 일반(「조특법」 제10조) 심층평가』, 기획재정부·한국조세재정연구원, 2024.

김빛마로·윤성주·윤성만, 『신성장·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 심층평가』, 기획재정부·한국조세재정연구원, 2021.

김학수, 「혁신성장을 위한 연구개발 조세지원정책의 문제점 및 개선방안」, 『재정포럼』, 2018 년 12월호 제270호, 한국조세재정연구원, 2018.

김학수·원종학·김빛마로, 『R&D 조세지원제도의 세무행정 개선방안』, 한국조세재정연구원, 2017.

대한민국정부, 「조세지출예산서」, 각 연도.

안수용·조용희, 「국가연구개발사업의 질적성과 평가를 위한 성과지표 연구-삼극특허를 중심으로」, 기술혁신연구, v.30 no.3,2022, pp. 35~64.

과학기술통계서비스(http://sts.ntis.go.kr)

국가법령정보센터(https://www.law.go.kr)

국세청(https://www.nts.go.kr/)

한국은행, 「경제통계시스템」(https://ecos.bok.or.kr/#/)

OECD, “Measuring Tax Support for R&D and Innovation”

(http://www.oecd.org/sti/rd-tax-stats.htm)

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​Ⅰ. 서론

정부는 민간의 혁신 활동을 장려하고, 미래 성장동력 확충을 목적으로 연구개발에 대해 다양한 지원제도를 운영하고 있다. 연구개발 활동에 내재된 불확실성, 혁신결과물이 가지는 긍정적 외부효과 등을 고려할 때 R&D에 대한 정부 지원의 필요성은 일반적으로 인정되고 있다. 실제로, 우리나라뿐 아니라 많은 해외 국가들 역시 연구개발에 대해서는 정부 재정을 투입하여 적극적으로 지원하고 있는 상황이다.

정부의 R&D 지원은 크게 재정지원과 조세지원으로 구분할 수 있다. 2024년 기준 가장 대표적인 민간 R&D 지원 재정사업으로 볼 수 있는 국가연구개발사업은 총 1,364개 세부사업(계속사업 1,178개, 신규사업 186개)을 포함하고 있으며, 예산 규모는 26.5조원 수준이다. 연구개발 관련 조세지원제도 중 가장 큰 조세지출 실적을 보이는 연구·인력개발비 세액공제(신성장·원천기술 및 국가전략기술 포함) 제도의 경우 2022년 실적치 기준 3.7조원 규모이며 이는 2022년 전체 국세감면액의 6.5%에 해당하는 수치이다. 한편, 정부는 지난 7월 발표한 세법개정안에서 국가전략기술에 대한 R&D 세액공제 적용기한을 3년 연장하는 방안을 제안하였으며,2) 전문가 평가를 거쳐 국가전략기술에 첨단반도체 소재·부품·장비 관련 기술 등을 추가하는 것을 검토하겠다고 발표하였다.3) 또한 2025년 1월에는 국가전략기술 분야에 인공지능(AI) 및 미래형 운송수단 추가, 국가전략기술 및 신성장·원천기술 R&D 시설투자 세액공제율 상향 등의 방안이 추가로 발표되었다.4)

민간의 혁신활동을 촉진하기 위해 정부 지원을 확대하는 정책 방향은 큰 틀에서 바람직하다고 판단되지만, R&D 관련 정부 지원에 막대한 예산이 투입되고 있으므로 이를 효율적으로 운영하는 것은 정부 재정의 관점에서 매우 중요하다고 할 수 있다.

특히, 많은 선행연구는 우리나라의 민간 R&D가 양적으로는 크게 성장하였지만, 질적성과가 낮다고 지적5)하고 있으므로 정부 지원체계가 효율적으로 작동하고 있는지 점검하여 개선 방안을 찾을 필요가 있다.

이에 본고에서는 우리나라 R&D 조세지원제도 현황을 살펴본 후 제도 개선방안을 제시하고자 한다. R&D에 대한 조세지원은 재정지원에 비해 절대적 규모는 크지않지만 주요 제도가 대부분 반영구적으로 운영되고 있다는 특징이 있다. 실제로 ‘일반’ 분야 연구·인력개발비 세액공제(「조세특례제한법」(이하 조특법) 제10조 제1항 제3호)는 별도의 일몰 조항이 없으며, 신성장·원천기술(「조특법」 제10조 제1항 제1호)의 경우 2010년 도입 이후 계속해서 적용기한이 연장되면서 제도가 지속적으로 운영되고 있다.6) 특히, 최근 신성장·원천기술, 국가전략기술 등 특정 분야에 대한 세제지원이 확대되면서 연구·인력개발비에 대한 세액공제의 조세지출 규모가 큰 폭으로 증가하고 있어 해당 제도에 대한 평가 및 개선 방향 모색이 필요한 상황이다.

본고의 구성은 다음과 같다. 제Ⅱ장에서는 우리나라의 민간 R&D 현황 및 추이를 살펴본다. 제Ⅲ장에서는 우리나라의 R&D 관련 조세지원제도에 대해 정리한 후 연구·인력개발비 세액공제의 운영상 쟁점에 대해 논의한다. 마지막으로, 제Ⅳ장에서는 제도의 개선방향에 대해 논의한다.

Ⅱ. 우리나라 R&D 현황 및 추이

우리나라 및 해외 주요국의 R&D 조세지원제도에 대해 논의하기에 앞서 우리나라의 최근 민간 R&D 현황 및 추이를 살펴볼 필요가 있다.7) 우리나라의 총연구개발비는 지속적으로 증가하는 추세에 있으며 국제적으로 비교해도 높은 수준인 것으로 확인된다. 총연구개발비 규모는 1980년대 중반부터 유의미하게 확대되기 시작했으며, 2010년대 이후에도 꾸준히 상승하였다. 최근에도 2018년 85.7조원, 2020년 93.1조원, 2022년 112.6조원으로 확대 추세가 계속되고 있다. 총연구개발비의 GDP 대비 비중 역시 지속적으로 상승하였으며 최근에도 2018년 4.52%에서 2022년 5.21%로 증가하였다. 특히 2022년 기준 우리나라의 연구개발비 규모는 OECD 회원국 및 주요 비회원국8) 중 세계 6위 수준이며, GDP 대비 비중은 세계 2위에 해당한다.

또한 [그림 3]에서 확인할 수 있듯이, 민간 R&D에 대한 정부 지원 규모도 큰 것으로 나타났다. 2021년 기준 우리나라의 GDP 대비 기업 R&D(business enterprise expenditure on R&D)에 대한 정부 지원 비중은 0.35%로 OECD 평균인 0.21%보다 높았다.9) 해외 주요국과 비교하면, 우리나라의 GDP 대비 R&D 지원 비중은 미국(0.26%), 일본(0.14%), 중국(0.13%)에 비해 높고, 영국(0.48%), 프랑스(0.42%)보다는 낮았다.

R&D 규모를 연구수행 주체로 구분하여 살펴보면, 기업체의 비중이 가장 높은 것으로 나타났다. 2022년 기업체가 사용한 연구개발비는 89조 4,213억원으로 전체의 79.4%를 차지하였으며 공공연구기관과 대학 지출액은 각각 12조 9,186억원(11.5%)와 10조 3,061억원(9.1%) 규모이다. 추세적으로는 기업체, 공공연구기관, 대학 연구개발비 지출 규모가 모두 증가하였으며 각각이 차지하는 비중은 안정적으로 유지되고 있는 것으로 확인된다.

기업체에 의한 연구개발비 대부분은 대기업이 지출하는 것으로 나타났으며, 매출액 대비 연구개발비 비중은 벤처기업이 가장 높았다. 매출액 대비 연구개발비 비율은 벤처기업이 6.38%로 가장 높았으며, 대기업은 3.39%, 중소기업은 2.58%, 중견기업은 2.15% 수준으로 확인된다. 즉, 우리나라는 규모가 큰 소수 기업이 전체 연구개발비에서 차지하는 비중이 높고, 벤처기업의 연구개발 활동이 활발한 것으로 나타났다.10)

요약하면, 우리나라는 연구개발비 지출 규모, 정부 지원 수준 등 적어도 양적 측면에서는 R&D가 매우 활발하게 이루어지고 있다고 평가할 수 있으며 최근까지도 R&D의 양적 성장은 계속되고 있다. 또한 기업 R&D는 대기업 집중도가 매우 높은 것으로 나타났다.

Ⅲ. R&D 관련 조세지원제도

제Ⅲ장에서는 우리나라의 R&D 관련 조세지출 규모를 총량 관점에서 소개하고,기업들이 가장 활발히 활용하고 있는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 제도의 개요 및 현황에 대해 논의하였다. 마지막으로, 동 제도의 운영상 특징에 대해 검토하였으며 특히 신성장·원천기술 및 국가전략기술의 변화 추이를 중점적으로 소개하였다.

1. 연구개발에 대한 조세지원 규모

『조세지출예산서』는 「조세특례제한법」상 분류 기준에 따라 조세지출을 총 23개 분야로 구분하여 규모를 제시하고 있다. 해당 기준에 따르면 ‘연구개발’에 대한 조세지원 총량은 2023년 실적 기준 5.1조원이며, 전체 조세지출액에서 차지하는 비중은 7.3% 수준이다. 2024년과 2025년에는 연구개발 분야 조세지출액이 각각 3.6조원과 3.7조원으로 다소 감소할 것으로 전망되지만, 여전히 유의미한 정부 재원이 연구개발에 대한 조세지원에 활용되고 있음을 확인할 수 있다. 다만, 「조세특례제한법」상 ‘연구개발’로 구분되지만, 제도의 실질적 내용은 연구개발에 대한 지원으로 보기 어려운 제도도 일부 존재하므로 해석에 유의할 필요가 있을 것이다.11)

연구개발에 대한 총조세지출액 대부분은 연구·인력개발비 세액공제 제도에 의한 것으로 나타났다. 2023년 실적 기준 동 제도 조세지출액은 4.6조원이며, 2024년과 2025년은 각각 3.0조원과 3.1조원으로 전망된다. 특히, 동 제도 다음으로 조세지출액 규모가 큰 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제, 외국인근로자에 대한 과세특례 등은 연구개발에 대한 직접적 지원으로 보기 어렵다는 점을 고려하면 기업 연구개발에 대한 조세지원은 사실상 연구·인력개발비 세액공제제도가 주도적 역할을 하고 있다고 평가할 수 있다. 실제로, 최근 신성장·원천기술 및 국가전략기술 분야에 대한 지원이 확대되면서 동 제도 조세지출액이 연구개발 분야 총조세지출액에서 차지하는 비중은 91% 이상으로 확대(2023년 실적 기준)되었다.

연구개발에 대한 총조세지출액 대부분은 연구·인력개발비 세액공제 제도에 의한 것으로 나타났다. 2023년 실적 기준 동 제도 조세지출액은 4.6조원이며, 2024년과 2025년은 각각 3.0조원과 3.1조원으로 전망된다. 특히, 동 제도 다음으로 조세지출액 규모가 큰 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제, 외국인근로자에 대한 과세특례 등은 연구개발에 대한 직접적 지원으로 보기 어렵다는 점을 고려하면 기업 연구개발에 대한 조세지원은 사실상 연구·인력개발비 세액공제제도가 주도적 역할을 하고 있다고 평가할 수 있다. 실제로, 최근 신성장·원천기술 및 국가전략기술 분야에 대한 지원이 확대되면서 동 제도 조세지출액이 연구개발 분야 총조세지출액에서 차지하는 비중은 91% 이상으로 확대(2023년 실적 기준)되었다.

2. 연구·인력개발비에 대한 세액공제 개요 및 현황

본 소절에서는 「조세특례제한법」상 연구개발로 구분된 조세지출제도 중 기업 활용도 및 조세지출 규모 측면에서 가장 비중이 크고, 민간 혁신활동에 대한 가장 직접적인 지원으로 볼 수 있는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 제도에 대해 추가로 논의한다.

가. 제도 개요

연구·인력개발비에 대한 세액공제(「조세특례제한법」 제10조; 적용기한: 없음,신성장·원천기술 및 국가전략기술은 2027년 12월 31일)는 기업의 연구개발 활동 촉진을 위해 신성장·원천기술연구개발비, 국가전략기술연구개발비, 일반연구·인력개발비가 있는 내국인에게 법인세 또는 소득세의 일정 비율을 세액공제하는 제도이다.

동 제도의 혜택을 적용받는 연구개발은 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’으로 정의되며 자체연구개발과 위탁 및 공동연구개발로 구분12)된다. 또한 인력개발13)은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 의미한다. 세액공제 혜택은 기업부설연구소, 연구개발전담부서에서 발생한 인건비, 재료비, 시설임차료 등에 적용된다.

공제율은 기업규모 및 기술 분야에 따라 차등 적용된다. 신성장·원천기술 분야의 경우 당기분 연구개발비용의 최대 40%(중견기업 및 일반기업은 최대 30%)를, 국가전략기술 분야는 당기분 연구개발비용의 최대 50%(중견기업 및 일반기업은 최대40%)를 세액공제한다. 일반 분야는 기업이 ①당기분과 ②증가분 방식 중 하나를 선택할 수 있으며 공제율은 아래와 같다.

① 당기분: 당해연도 지출액 × 0~2% (중견기업 8%, 중소기업 25%)

② 증가분: 직전연도 지출액 초과분 × 25% (중견기업 40%, 중소기업 50%)

나. 제도 신고 현황

다음으로 최근 연구·인력개발비 세액공제 신고 현황을 『국세통계연보』를 참조하여 정리하였다. 최근 3년(2021~2023신고연도) 조세지출액 변화를 살펴보면, 신성장·원천기술 분야 및 국가전략기술 조세지출액이 크게 확대되는 추세를 확인할 수 있다. 일반 분야 총조세지출액은 2021년 2.0조원에서 2023년 2.4조원으로 소폭 상승한 반면, 신성장·원천기술 분야는 2021년 6천억원에서 2023년 9,500억원 수준으로크게 확대되었다. 2022년 최초 신고 된 국가전략기술 분야 조세지출액 규모는 4,500억원에서 2023년 1.2조원으로 세 배 가까이 증가한 것으로 나타났다. 또한 중소기업의 활용도가 압도적으로 높은 일반 분야와 달리, 신성장·원천기술 및 국가전략기술은 일반법인의 활용 비중이 상대적으로 높았다. 2023신고연도 기준 전체 수혜기업

중 중소기업 숫자의 비중은 일반 분야 96.3%, 신성장·원천기술 69.9%, 국가전략기술 29.4%로 나타났다. 또한 기업당 평균 수혜액은 국가전략기술, 신성장·원천기술, 일반분야 순으로 높은 것으로 나타났다. 2023신고연도 기준 평균 수혜액은 국가전략기술 352.0억원, 신성장·원천기술 29.5억원, 일반 분야 0.6억원으로 확인된다

3. 연구·인력개발비에 대한 세액공제 운영상 쟁점

가. 우대 기술의 범위

동 제도의 특징 중 하나는 R&D 분야를 일반, 신성장·원천기술, 국가전략기술 등 세 가지 범주로 구분하여 혜택 수준을 차등하고 있다는 점이다. 일반 분야는 당기분 기준 중소기업 25%, 중견기업 8%, 일반기업 0~2%, 신성장·원천기술 분야는 중소기업 30~40%, 중견기업14) 및 일반기업 20~30%, 국가전략기술 분야는 중소기업 40~50%, 중견기업 및 일반기업 30~40%의 공제율이 적용된다. 동일한 비용을 지출하더라도 기술범주별 혜택 수준의 차이가 크기 때문에, 정부가 기술을 적절히 구분 및 선정하는 것은 제도 효과성을 제고하고 불필요한 재정지출을 최소화하는 측면에서 매우 중요하다고 할 수 있다. 이에 본고에서는 일반 분야에 비해 높은 공제율을 적용받는 신성장·원천기술과 국가전략기술 대상 기술이 최근 어떻게 변화되었는지를 상세히 살펴보고자 한다.

신성장·원천기술 및 국가전략기술은 시행령에서 규정하고 있다. 신성장·원천기술은 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 [별표 7]의 기술로 미래형자동차, 지능정보 기술 등의 14개 분야 53개 세부분야 270개 기술을, 국가전략기술은 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제6항 [별표 7의2]의 기술로 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단, 바이오의약품 등 7개 분야 66개 기술을 의미한다.

신성장·원천기술의 최근 변화(<표 5> 참고)를 살펴보면 범주, 분야, 기술 모두 증가하는 추세임을 확인할 수 있다. 2017~2024년 기간 동안 대상이 되는 기술의 범주는 11개에서 14개로, 분야는 37개에서 53개로, 세부 기술은 157개에서 270개로 확대되었다. 최근에는 세부 기술 수 기준 2022년 260개에서 2023년 258개로 소폭 감소한 뒤 2024년 270개로 증가하면서 그 증가 추세가 다소 꺾인 것처럼 보이지만,2023년 기술 수가 감소한 것은 신성장·원천기술에 해당하는 일부 기술이 국가전략기술로 편입된 것이므로 실질적으로는 지원이 확대된 것이다.15)

<표 6>은 신성장·원천기술 신규도입 및 폐지 기술 수를 연도별로 제시하고 있다. 2017년 대폭 개정으로 157개의 기술을 신성장·원천기술로 인정하며 현재의 구조를 지니게 되었으며 이후에는 2018년을 제외한 모든 연도에 새로운 기술이 추가되었다. 특히 2020년에는 첨단소재부품장비 범주가 신설되고 융복합소재 기술이 대폭 추가되면서 총 51개의 신규기술이 편입되었다. 2021년과 2022년에도 20개 이상의 신규기술이 추가되었으며, 2023년과 2024년에도 숫자는 다소 감소하였지만 10개 이상의 신규기술이 새롭게 포함되었다.

반면 폐지된 기술 수의 경우 대체로 신규 도입 기술 숫자에 비해 적었으며,2021년과 2023년에 폐지 기술 수가 상대적으로 높았다. 하지만 2023년과 2024년에 신성장·원천기술에서 제외된 17개 기술(<표 7> 참조)은 2022년 도입된 국가전략기술 목록에 편입되었으므로 해당 기술에 대한 지원은 오히려 확대된 것이다. 2023년 개정 사항을 살펴보면 6월 7일과 8월 29일 개정에서 신규도입 기술 없이 각각 10개와 4개의 신성장·원천기술이 삭제되었는데, 삭제된 기술 전부 국가전략기술에 편입되었다. 또한 2024년 2월 29일에는 15개의 기술이 신규 도입되고 3개의 기술이 폐지되었는데, 폐지된 기술 3개 모두 국가전략기술로 추가되었다. 즉, 신성장·원천기술 기술 범위는 2019년 이후 계속해서 확대된 것으로 평가할 수 있다.

다음으로 국가전략기술 변화 추이(<표 8> 참고)를 살펴보면, 2022년 최초 도입 이후 2년 연속 그 범위가 확대되었음을 확인할 수 있다. 2023년에는 디스플레이, 미래형이동수단, 바이오의약품, 수소 등 총 4개의 새로운 범주가 도입되었으며, 2024년에는 수소 관련 3개 기술, 디스플레이 관련 1개 기술이 추가되었다. 이렇게 추가된 기술들은 앞서 논의한 신성장·원천기술에서 편입된 기술을 포함하고 있다. 또한 2022년 도입 이후 현재까지 국가전략기술에서 제외된 기술은 없는 것으로 확인된다.

요약하면, 일반적인 R&D에 비해 높은 수준으로 지원하는 우대 기술(신성장·원천기술 및 국가전략기술)의 범위는 제도 도입 이후 꾸준히 확대되었으며, 기술의 상용화, 지원 필요성 감소 등의 이유로 우대 기술에서 제외된 경우는 매우 제한적인 것으로 나타났다.

나. 세무행정 측면에서의 쟁점

다음으로 본 제도의 세무행정 측면에서의 운영 방식에 대해 논의한다. 특히 본제도의 경우 세무행정 측면에서의 노력이 특히 중요하다고 판단되는데, 그 이유는 일반적으로 기업의 혁신 활동과 일반적 경영 활동 사이에는 명확한 경계가 존재하지 않기 때문이다. 즉, 조세 혜택이 본래의 취지대로 적격 혁신 활동16)을 수행한 기업에 돌아갈 수 있도록 하기 위해서는 세무행정 차원에서의 면밀한 검증 노력이 필요하다.

이러한 이유로 국세청에서도 제도 오남용 방지를 위해 노력하고 있다. 대표적으로, 동 제도 활용을 희망하는 기업의 조세 불확실성을 사전적으로 해소하기 위해R&D 세액공제 사전심사제도가 운영되고 있다. 기업들은 세액공제 신청 전에 자신이 지출한 비용이 제도 적용 대상에 해당되는지 여부 등을 미리 심사할 것을 사전심사제도를 통해 자율적으로 신청할 수 있다. 신청 건에 대해 국세청에서는 ‘기술검토’ 및 ‘비용검토’를 진행한다. 기술검토는 기업이 수행하는 연구인력개발 활동이 「조세특례제한법」 제2조 제1항 제11호에 따른 연구개발의 정의에 부합하는지 여부를, 비용검토는 기업이 지출하는 연구인력개발 활동이 「조세특례제한법 시행령」 제9조에서 규정한 비용 범위에 포함되는지 여부를 심사하는 것을 의미한다. 이러한 사전심사 결과에 따라 세액공제를 신청하는 경우, 추후 심사 결과와 다르게 과세 처분한 경우에도 과소신고 가산세가 부과되지 않으며 심사받은 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면 사후관리 선정 대상에서 제외되는 효력이 발생한다.

사전심사제도는 세액공제 활용에 관하여 과세관청과 납세자 사이에 존재할 수있는 인식의 차이를 최소화하고 조세 확실성을 증대할 수 있어 긍정적으로 평가된다. 다만, 국세청에서는 기업이 수행한 연구개발 활동이 신성장·원천기술 또는 국가전략기술에 해당하는지에 대한 심사는 수행하지 않고, 해당 심사는 한국산업기술진흥원에서 별도로 담당하고 있다. 연구개발세액공제기술심의위원회 운영 세칙에서는, 한국산업기술진흥원(“전담기관”)이 다음의 사항에 대해 조사한 후 그 결과에 관한 종합의견서를 연구개발세액공제기술심의위원회에 보고하도록 규정하고 있다.

위원회는 해당 종합의견서를 근거로 해당 건에 대해 신성장·원천기술 인정 여부 및 국가전략기술 인정 여부를 최종 심의한다.

즉, 해당 비용이 연구개발의 정의에 부합하는 것인지, 세액공제 대상 비용에 부합하는 것인지 등에 대해서는 국세청에 사전심사를 신청하도록 규정하고 있고, 연구개발비가 신성장·원천기술 또는 국가전략기술에 해당하는지에 대해서는 한국산업기술진흥원에 사전조사를 신청해야 하는 것이다. 이러한 복잡한 구조는 기업의 납세협력비용을 높이고, 기업들의 사전적 검증 의향을 저해할 가능성도 있다.

또한 제도의 조세지출 규모 및 연구개발 활동에 내재된 개념적 모호함 등을 고려할 때 현재 과세관청의 사전적, 사후적 검증 노력이 충분한지에 대해서는 재고의 여지가 있다. 본 제도에 대한 과세당국 차원의 사전적 검증 비중 및 구체적 절차 등에 대해서는 공개된 바 없으나, 제도 검증을 위한 전담 부서 등은 없는 상황이다. 또한 사후적으로도 동 제도에 대한 별도의 검증 절차는 없으며, 세무조사 대상으로 선정되는 경우 조사 과정에서 일부 검토가 이루어질 것으로 판단된다.

Ⅳ. 결론 및 제도 개선 방향

민간의 혁신 활동은 우리나라의 성장 잠재력 확충 및 지속적 경제성장을 위한 핵심 요소이다. 또한 기업 혁신활동은 많은 경우 긍정적 외부효과를 창출하므로 이를 장려하기 위한 정부의 적극적 지원이 필요하다는 점에는 큰 이견이 없을 것이다.

연구·인력개발비 세액공제는 기업의 활용도가 가장 큰 연구개발 관련 조세지원제도로서 그동안 민간의 혁신활동을 장려하는 데에 핵심적 역할을 수행하였다.17) 특히, 최근 해외 주요국에서 자국의 핵심 산업 육성을 위해 조세 및 재정 지원을 확대하고 있다는 점을 고려하면 혁신 활동 장려를 위한 본 제도의 역할은 더욱 강조될 것으로 판단된다.

그러나 한편으로는, 우리나라의 혁신 활동이 양적으로 크게 확대되었지만 질적성과는 부족하다는 지적도 꾸준히 제기되고 있다. 또한 조세지출제도는 정부 세입의 손실을 의미하므로, 지원의 실효성을 높여 정부 재정에 미치는 부정적 영향을 최소화할 필요가 있다. 특히, 동 제도는 R&D 관련 조세지출제도 중 규모가 가장 큰 제도임을 고려할 때 제도의 효율적 운용의 중요성이 더욱 크다고 할 수 있다.

이에 본고에서는 향후에도 민간 혁신활동에 대한 정부의 적극적 지원은 지속적으로 이루어질 필요가 있다는 점을 전제로 하고, 정부 재정의 효율적 운영의 관점에서 두 가지 제도 개선 방향에 대해 논의하고자 한다.

1. 우대 기술 범위의 비대화 방지 및 기술 범주 단순화

우리나라의 연구·인력개발비 세액공제의 조세지출액은 최근 크게 확대되었으며, 이는 주로 신성장·원천기술 분야의 조세지출액 증가 및 국가전략기술 분야에 대한 신규 세액공제 도입에 따른 것으로 나타났다.

특히 최근의 조세지출액 확대는 우대 기술 숫자의 지속적 증가에 부분적으로 기인하는 것으로 추정된다. 앞서 살펴본 바와 같이, 신성장·원천기술은 2017년 도입 이후 2022년에만 기술 숫자가 감소하고, 나머지 연도에는 모두 기술 숫자가 유지되거나 증가하였다. 특히, 유일하게 기술 숫자가 감소한 2022년의 경우에도 신성장·원천기술의 기술이 국가전략기술로 편입되어 사실상 지원이 확대된 것으로 평가할 수 있다. 그 결과 2017~2024년 기간 대상 기술의 범주는 11개에서 14개로, 분야는 37개에서 53개로, 세부 기술은 157개에서 270개로 증가하였다. 또한 국가전략기술 역시 2022년 36개 기술로 도입되었으나 2024년에는 66개로 단기간에 두 배 가까이 기술숫자가 증가하였다.

장기적인 국가 성장동력 확보 및 경제안보 측면의 전략적 중요성 등을 고려하여 정부가 일부 핵심 분야에 대해 적극적으로 지원하는 것의 필요성은 인정될 수 있다.18) 하지만 실제 운영 과정에서 우대 기술로 새롭게 편입되는 기술은 많지만 우대 기술에서 제외되는 기술은 매우 제한적으로 나타나고 있다. 이는 국가 미래 관점에서 특별히 장려하는 것이 필요한 분야에 더 높은 수준으로 특별히 지원한다는 신성장·원천기술 및 국가전략기술의 취지에 부합하지 않는 것으로 평가된다.

우리나라 민간 R&D 지출의 지속적 확대 추세, R&D에 대한 정부 지원 수준이 국제적으로 매우 높은 편이라는 점, 최근의 어려운 재정 여건 및 향후 예상되는 인구구조 변화 등으로 중장기적 재정건전성 확보 필요성이 크다는 점 등을 종합적으로 고려할 때 연구·인력개발비 세액공제의 우대 기술 선정에서 더 신중한 접근이 요구된다.

정부는 높은 수준으로 지원할 필요성이 인정되는 소수의 기술로 신성장·원천기술 및 국가전략기술의 범위를 제한하고, 이미 상용화되었거나 첨단성이 높지 않은 기술, 경제 안보 측면에서 중요성이 떨어지는 기술은 우대 기술 범위에서 제외하여 일반 연구·인력개발비 세액공제를 통해 지원할 필요가 있다. 현재 우리나라는 일반 분야의 R&D에 대해서도 세액공제 혜택을 부여하고 있으므로 신성장·원천기술 및 국가전략기술은특별히 높은 수준의 지원이 필요한 명백한 근거가 있는 분야만 포함되도록 관리하는 것이 바람직할 것이다. 특히, 본 제도의 구조상 우대 공제율 적용을 희망하는 민간 부문의 건의가 지속 제기될 것으로 예상되므로, 정부는 국가 미래의 관점에서 핵심적으로 지원이 필요한 분야에 대한 적극적인 지원과 국가 재정의 효율적 운영 사이에서 적절한 균형점을 찾기 위한 노력이 필요할 것이다.

보다 장기적으로는, 일반, 신정장·원천기술, 국가전략기술의 세 가지 범주로 구분된 현 체계를 일반 및 첨단(가칭) 분야의 두 가지 범주로 단순화하는 것도 고려해볼 수 있을 것이다. 정부가 다양한 민간 분야 기술의 상대적 중요성에 대해 정확하게 평가하고, 이를 바탕으로 시의성 있게 기술을 분류하여 제도에 반영하는 것은 어렵기 때문에 현재의 3단계 차등 구조는 혁신활동을 위한 민간의 자원투자 결정에 기술 간·분야 간 왜곡을 야기할 가능성이 있다. 또한 이러한 복잡한 구조는 정부의 행정비용 및 기업의 납세협력비용을 모두 증가시키는 요인이 될 수 있다. 실제로 해외 사례를 살펴봐도 기술을 3단계로 구분하여 혜택 수준을 차등하는 경우는 없는 것으로 파악된다.19) 다만, 국가전략기술에 대한 신규 공제제도가 비교적 최근 도입되었다는 점을 고려할 때 근본적 제도 개편에 대한 논의에 앞서 국가전략기술 우대 지원의 효과에 대해서는 추후 엄밀한 평가가 선행될 필요가 있다.

2. 국세청에 의한 검증 강화 등 세무 행정의 개선

연구·인력개발비 세액공제는 기타 기업 대상 조세지원에 비해 제도가 오남용 될 여지가 큰 제도이다. 이는 기본적으로 민간 혁신활동이 명확하게 정의되기 어려운 개념이라는 데 기인한다, 따라서 기업이 지출한 비용이 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하는지에 대해서는 정성적 판단 및 검증이 요구된다. 반면, 고용, 투자 등과 관련된 조세지원의 경우 서류나 자료를 통해 기업이 적격 지출을 했는지 비교적 명확하게 판단할 수 있다. 이러한 특징을 고려할 때 연구·인력개발비 세액공제가 제도 취지에 맞게 운영되기 위해서는 세무 행정적 뒷받침이 필수적이다.

이에 국세청에서도 제도의 오남용 방지를 위해 많은 노력을 기울이고 있으나, 본 제도의 중요성을 고려할 때 여전히 개선의 여지가 존재한다고 판단된다. 먼저, 연구·인력개발비 세액공제를 받고자 하는 기업의 신청 건에 대한 사전적 검증 비중을 높일 필요가 있다. 본 제도에 대한 과세당국 차원의 사전적 검증 비중이 대외에 공개된 적은 없다. 다만, 2023년 기준 4만 3천건이 넘는 연구·인력개발비 세액공제 신고가 있었으나 국세청에서 관련 업무를 수행하는 것으로 명시된 인원은 상대적으로 부족한 것으로 파악된다.20)  본 제도의 수혜기업 수와 국세청의 관련 인력 규모를 고려할 때 상당수 신청 건에 대해서는 실질적인 검토가 이루어지지 못하고 있을 가능성이 높을 것으로 보인다. 이와 관련하여 김학수 외(2017)는 캐나다의 R&D 조세지원제도 운영을 모범 사례의 하나로 제시하고 있다. 캐나다의 경우 우리나라와 달리 연구개발 활동검증을 위해 다수의 전문 인력을 연구개발 조세지원 신청서 검토에 투입하고 있으며, 특히 기술조사관(research and technology advisor)의 경우 연구개발 조세지원 신청서 검토 업무만 전담으로 수행하는 것으로 파악된다.21)

또한 사후적으로도 본 제도에 대한 별도의 확인·검증 절차는 없는 것으로 파악되며, 특정 기업이 세무조사 대상자로 선정되는 경우 종합적으로 검토가 이루어질 것으로 추정된다. 이에 과세당국에서는 연구·인력개발비에 대한 사전적, 사후적 검증을 강화할 필요가 있으며 특히 신성장·원천기술 및 국가전략기술에 대해서는 검증 비중을 유의미한 수준으로 높이는 것이 바람직할 것으로 판단된다. 단기적으로는, 현재의 가용한 인력 및 예산을 최대한 활용하여 검증 노력을 강화할 필요가 있다. 이와 관련하여, 빅 데이터 분석 기법, AI 기술 등을 적극적으로 활용하여 제도 오남용 위험이 클것으로 예상되는 납세자를 보다 효율적으로 포착하는 방안도 도움이 될 수 있을 것으로 보인다. 장기적으로는, 본 제도의 중요성을 고려하여 제도 검증 관련 인력 및 예산의 확대를 고려할 수 있을 것이다. 다만, 인력 및 예산의 확충 또한 또 다른 행정비용을 야기할 수 있으므로 적절한 확충 규모에 대해서는 엄밀한 검토가 필요하다고 판단된다. 또한 제도 검증이 비용-효율적으로 이루어질 수 있도록 담당 인력의 전문성 강화, 적절한 인력 배치 및 조직 구성 등 국세청 자체적인 노력도 반드시 수반되어야 할 것이다.  

이러한 검증 강화 노력과 함께, 제도 오남용 최소화를 위해 납세자와의 적극적소통을 강화하는 노력도 병행될 필요가 있다. 현재 국세청에서는 연구·인력개발비 세액공제 인정 사례, 불인정 사례, 체크리스트 등을 작성하여 홈페이지에 게시하고 있다. 이러한 노력은 연구·인력개발 개념의 불확실성을 완화할 수 있다는 점에서 긍정적으로 평가할 수 있으나, 해당 자료에 대해 인지하고 있는 기업들이 많지 않은 것으로 파악되고 있다. 연구·인력개발비 세액공제 제도를 활용한 경험이 있는 기업 등을 대상으로 이러한 자료를 적극적으로 공유할 필요가 있으며, 세액공제 신청 시 R&D 개념 등에 대한 체크리스트를 읽고 인지한 경우에만 다음 단계로의 진행이 가능하도록 신고 절차를 변경하는 방안도 검토해 볼 수 있을 것이다. 

또한 국세청과 한국산업기술진흥원에서 분장하여 이루어지고 있는 사전심사 제도 업무에 대해서도 기업의 혼란을 최소화하기 위한 노력이 요구된다. 현재 신성장·원천기술 및 국가전략기술에 대한 사전심사 기술검토 절차의 경우 한국산업기술진흥원에서 수행하고 있고, 나머지 업무는 국세청에서 담당하는 것으로 파악된다. 이러한 구조에 대해 기업이 정확하게 인지할 수 있도록 적극적인 소통이 필요하며, 장기적으로는 사전심사 업무를 일원화하는 것도 제도의 효율적 운영 및 납세협력비용 완화에 도움이 될 것으로 보인다. <kipf>

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1) 본고는 김빛마로·신상화·이동규·홍용기, 『연구·인력개발비에 대한 세액공제-신성장·국가전략기술, 일반(「조세특례제한법」 제10조) 심층평가』, 2024의 일부 내용에 기초하여 작성됨

2) 해당 안은 2024년 12월 10일 국회에서 최종 통과

3) 관계부처 합동, 「반도체 생태계 종합지원 추진방안」, 2024. 6. 26.

4) 관계부처 합동, 「2025년 경제정책방향」, 2025. 1. 2.

5) 안수용·조용희(2022); 김학수(2018) 등

6) 신성장·원천기술 및 국가전략기술에 대한 연구개발비 세액공제의 적용기한을 2027년 12월까지 연장하는 안이 12월10일 국회에서 최종 통과

7) 본고에서는 「2022년도 연구개발활동조사보고서」를 참고함

8) OECD, Main Science and Technology Indicators 2023-September, 2023에서 집계한 국가 기준으로 산출하였으며 국가별 2022년 데이터가 공표되면 순위 변동 가능 

9) 정부 지원은 직접 자금지원(direct funding)과 조세지원(tax support)으로 구분할 수 있는데 우리나라의 GDP 대비 R&D 직접자금지원비중 및 조세지원 비중은 각각 0.22%와 0.13%임

10) 「벤처기업법」 제2조의2에 따른 벤처기업 요건은 벤처투자유형, 연구개발유형, 혁신성장유형, 예비벤처유형으로 구분된다. 이 중 연구개발유형(1항의2호의나목)의 경우 연구개발비 규모 및 매출액 대비 비중이 일정 수준 이상일 경우가 해당된다. 따라서 [그림 6]에서 벤처기업의 매출액 대비 연구개발비 비중이 높게 나타난 것은 부분적으로 우리나라 벤처기업 정의에 기인했을 것으로 추정된다

11) 예를 들어, 외국인근로자에 대한 과세특례(「조세특례제한법」 제18조의2)의 경우 국내에서 근무하는 일반적인 외국인 근로자의 소득세를 분리과세하는 제도로서 연구개발에 대한 지원으로 보기 어려운 측면이 있음

12) 연구개발에서 제외되는 활동(「조세특례제한법 시행령」 제1조의 2) ①일반적인 관리 및 지원활동 ②시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험 ③반복적인 정보수집 활동 ④경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동 ⑤특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무 ⑥광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등 조사·탐사 활동 ⑦위탁받아 수행하는 연구활동 ⑧이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동 ⑨기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동

13) 인력개발비용은 일반 분야 공제만 적용

14) 코스닥 상장 중견기업은 25~40%

15) 이에 대한 구체적인 내용은 다음에서 다시 논의

16) 본 제도의 적용을 받을 수 있는 적격 연구개발은 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’으로, 인력개발은 ‘내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동’으로 정의

17) 김빛마로·신상화·이동규·홍용기(2024)는 본 제도가 기업의 연구개발 관련 지출 및 기업 성과 등에 대체로 긍정적인 영향을 준다는 실증 분석 결과를 제시하고 있음. 실증분석 관련 상세한 내용은 동 보고서의 제Ⅴ장을 참고

18) 특정 기술 및 분야에 대한 우대 지원 자체의 적정성에 대해서도 이견이 존재할 수 있으며, 이와 관련된 논의는 김빛마로·윤성주·윤성만(2021)의 p. 89~90을 참고

19) 김빛마로·신상화·이동규·홍용기(2024)의 제Ⅲ장을 참고

20) 국세청 홈페이지(접속일: 2024. 12. 16.) 기준 본청 법인납세국 공익중소법인지원4팀(10명 내외)과 각 지방국세청 법인세과의 인력 일부가 R&D 사전심사 업무를 수행하는 것으로 파악. 이 밖에 통상적인 법인세 신고 관련 인력이 연구·인력개발비 세액공제 검증 업무도 함께 수행할 것으로 추정

21) 2019년 기준, 캐나다의 R&D 세액공제 전담 재무조사관(financial reviewer) 및 기술조사관 숫자는 약 500명인 것으로 파악

<참고문헌>

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국세청, 『국세통계연보』, 각 연도.

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김빛마로·신상화·이동규·홍용기, 『연구·인력개발비에 대한 세액공제 - 신성장·국가전략기술, 일반(「조특법」 제10조) 심층평가』, 기획재정부·한국조세재정연구원, 2024.

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김학수, 「혁신성장을 위한 연구개발 조세지원정책의 문제점 및 개선방안」, 『재정포럼』, 2018 년 12월호 제270호, 한국조세재정연구원, 2018.

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안수용·조용희, 「국가연구개발사업의 질적성과 평가를 위한 성과지표 연구-삼극특허를 중심으로」, 기술혁신연구, v.30 no.3,2022, pp. 35~64.

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한국은행, 「경제통계시스템」(https://ecos.bok.or.kr/#/)

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